Институт создан решением Совета Централизованной религиозной организации Северо-Кавказское Объединение Церквей евангельских христиан-баптистов (до 25.08.2015 года имело наименование Централизованная религиозная организация Объединение Церквей евангельских христиан-баптистов по Кабардино-
Балкарии и Дагестану) и имеет в Российской Федерации статус «Религиозная духовная образовательная организация высшего образования»
Как любое учреждение, институт нуждается в органах управления, одним из которых является Совет Попечителей. В него на добровольной основе, на данный момент, входят 17 пресвитеров, которые избираются сроком на пять лет. При необходимости на Совет Попечителей приглашаются консультанты, которые помогают разрешить возникшие в ходе деятельности института вопросы.
Разделяя миссию, видение и цели СКБИ, члены Совета Попечителей прилагают все усилия к их достижению, имеют позитивное видение относительно будущего института и осуществляют огромный вклад в его развитие.
Попечительский Совет вырабатывает общее направление развития института, определяет приоритетные задачи, обеспечивает контроль над работой СКБИ, а также оказывает консультационную и спонсорскую помощь. Он также формирует вероучение и общее направление богословского образования института.
ЧЛЕНЫ и КОНСУЛЬТАНТЫ СОВЕТА ПОПЕЧИТЕЛЕЙ
| 1 | Мицкевич Петр Вальтерович | Председатель РС ЕХБ, ректор Московской богословской семинарии ЕХБ, пресвитер церкви ЕХБ «Голгофа» г. Москва, сопредседатель Совета Попечителей СКБИ |
| 2 | Левашов Виктор Васильевич | Старший пресвитер (епископ) Северо-Кавказского объединения церквей ЕХБ, пресвитер Церкви ЕХБ г. Майский, сопредседатель Совета Попечителей СКБИ |
| 3 | Воробьев Петр Валентинович | Пресвитер церкви ЕХБ г. Волгоград |
| 4 | Джулаев Александр Николаевич | Пресвитер церкви ЕХБ г. Моздок |
| 5 | Даценко Андрей Витальевич | Старший пресвитер (епископ) Объединения церквей ЕХБ Ростовской области и Республики Калмыкия, пресвитер церкви ЕХБ г. Азов |
| 6 | Жулин Владимир Степанович | Пресвитер церкви ЕХБ г. Терек |
| 7 | Кадацкий Дмитрий Дмитриевич | Старший пресвитер (епископ) Объединения церквей ЕХБ Краснодарского края и Республики Адыгея, пресвитер церкви ЕХБ г. Майкоп |
| 8 | Кульбаев Алим Махмудович | Пресвитер Церкви ЕХБ г. Нальчик |
| 9 | Лабутин Сергей Александрович | Пресвитер церкви ЕХБ г. Прохладный |
| 10 | Левданский Тимофей Николаевич | Пресвитер церкви ЕХБ г. Лермонтов |
| 11 | Лукьянчук Вячеслав Яковлевич | Пресвитер церкви ЕХБ г. Прохладный |
| 12 | Медведев Михаил Александрович | Старший пресвитер (епископ) Объединения церквей ЕХБ Ставропольского края и Карачаево-Черкесской Республики, пресвитер церкви ЕХБ г. Георгиевск |
| 13 | Мечиев Александр Ахматович | Пресвитер Церкви ЕХБ г. Нальчик |
| 14 | Сашников Игорь Николаевич | Пресвитер Церкви ЕХБ г. Нальчик |
| 15 | Тотиев Таймураз Феликсович | Старший пресвитер (епископ) Объединения церквей ЕХБ Республики Северной Осетии — Алании, пресвитер церкви ЕХБ «Фарн» г. Владикавказ |
| 16 | Шемереко Юрий Вениаминович | Пресвитер церкви ЕХБ г. Нарткала |
| 17 | Ягодкин Евгений Васильевич | Пресвитер церкви ЕХБ ст. Павлодольская |